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四库禁毁书丛刊是编修《四库全书》期间被抽毁和全毁的书籍，其中以集部书占多数，这部分著作实属中国文化之精品。其次是史部的书籍，其禁毁重点是关于辽事（入关前满汉关系）和南明史的著作，目的是企图抹杀、毁灭、篡改历史事实。经部、子部和丛书中的一些书籍在禁毁狂潮中也未能幸免。《四库禁毁书丛刊》具体地是以姚观元《清代禁毁书目》、孙殿起《清代禁书知见录》、雷梦辰《清代各省禁书汇考》和陈乃乾《索引式的禁书总录》所著录的图书为主要收录范围。它不是清代所有禁书的总汇，不收录清乾隆以后的各种禁毁小说、戏曲。所收禁毁书以刻本、活字本、抄本为主,石印本、铅印本、影印原刻本酌情收录，点校本不予收录。本书共分十期，每期内依经、史、子、集四部排列。